Доказательная медицина считает багульник болотный эффективным противокашлевым и отхаркивающим средством; в народной медицине он популярен и спектр применений шире. Его ценят за антисептические, противовоспалительные и болеутоляющие свойства. Растение применяют при простуде (грипп, бронхит, астма) и при патологиях печени, почек и желудка. Используют как отдельно, так и в сочетании с другими травами.

Из сырья готовят водные и уксусные настои; спиртовые настойки для обработки ран; ингаляции, ванны; отвары, мази и масляные экстракты.

Багульник лечит болезни дыхательной системы, ревматизм, экзему, кожные проблемы, диатезы, варикоз, туберкулёз лёгких, одышку и другие состояния. Наружно настои применяют для заживления ран, укусов, ожогов и пролежней; внутрь — для предупреждения эпилептических приступов и снижения кровяного давления.